Table 2 Genotypic and Allelic Frequencies for Eight SNPs Analyzed
From: No association between the PREP gene and lithium responsive bipolar disorder
SNP | Allele | Genotype | Status | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
Cases | Controls | LiR | LiNR | |||
PREP1 | C | 424 (1,0) | 182 (1,0) | 155 (1,0) | 54 (1,0) | |
T | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
CC | 212 (1,0) | 91 (1,0) | 310 (1,0) | 108 (1,0) | ||
CT | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
TT | 0 | 0 | 0 | 0 | ||
PREP2 | C | 9 (0,021) | 21 (0,111) | 6 (0,019) | 3 (0,027) | |
T | 429 (0,979) | 169 (0,889) | 316 (0,981) | 109 (0,973) | ||
CC | 1 (0,005) | 0 | 0 | 1 (0,018) | ||
CT | 7 (0,032) | 21 (0,221) | 6 (0,037) | 1 (0,018) | ||
TT | 211 (0,963) | 74 (0,779) | 155 (0,963) | 54 (0,964) | ||
PREP4 | G | 391 (0,968) | 142 (0,922) | 283 (0,969) | 102 (0,962) | |
C | 13 (0,032) | 12 (0,078) | 9 (0,031) | 4 (0,038) | ||
CC | 2 (0,01) | 2 (0,026) | 1 (0,007) | 1 (0,019) | ||
GC | 9 90,045) | 8 (0,104) | 7 (0,048) | 2 (0,038) | ||
GG | 191 (0,946) | 67 (0,87) | 138 (0,945) | 50 (0,943) | ||
PREP5 | A | 123 (0,324) | 73 (0,397) | 97 (0,354) | 26 (0,26) | |
T | 257 (0,676) | 111 (0,603) | 177 (0,646) | 74 (0,74) | ||
AA | 20 (0,105) | 21 (0,228) | 17 (0,124) | 3 (0,060) | ||
AT | 82 (0,432) | 31 (0,337) | 62 (0,453) | 20 (0,040) | ||
TT | 88 (0,463) | 40 (0,435) | 58 (0,423) | 27 (0,54) | ||
PREP6 | A | 28 (0,065) | 8 (0,039) | 18 (0,060) | 10 (0,089) | |
G | 404 (0,935) | 198 (0,961) | 284 (0,940) | 102 (0,911) | ||
AA | 1 (0,005) | 0 | 1 (0,007) | 0 | ||
AG | 26 (0,120) | 8 (0,078) | 16 (0,106) | 10 (0,179) | ||
GG | 189 (0,875) | 95 (0,922) | 134 (0,887) | 46 (0,821) | ||
PREP7 | A | 345 (0,88) | 148 (0,892) | 221 (0,877) | 108 (0,885) | |
C | 47 (0,12) | 18 (0,108) | 31 (0,123) | 14 (0,115) | ||
AA | 153 (0,781) | 66 (0,795) | 97 (0,77) | 49 (0,803) | ||
AC | 39 (0,199) | 16 (0,193) | 27 (0,214) | 10 (0,164) | ||
CC | 4 (0,020) | 1 (0,012) | 2 (0,016) | 2 (0,033) | ||
PREP8 | A | 282 (0,681) | 123 (0,691) | 174 (0,654) | 95 (0,720) | |
G | 132 (0,319) | 55 (0,309) | 95 (0,346) | 37 (0,28) | ||
AA | 98 (0,473) | 45 (0,506) | 58 (0,436) | 34 (0,515) | ||
AG | 86 (0,415) | 31 (0,371) | 58 (0,436) | 27 (0,409) | ||
GG | 23 (0,111) | 11 (0,124) | 17 (0,128) | 5 (0,076) | ||
PREP9 | C | 81 (0,193) | 38 (0,209) | 54 (0,20) | 26 (0,194) | |
T | 339 (0,807) | 144 (0,791) | 216 (0,80) | 108 (0,806) | ||
CC | 7 (0,033) | 7 (0,077) | 5 (0,037) | 2 (0,03) | ||
CT | 67 (0,319) | 24 (0,264) | 44 (0,326) | 22 (0,328) | ||
TT | 136 (0,648) | 60 (0,659) | 86 (0,637) | 43 (0,642) | ||