Table 2 Allelic distributions of the 14 SNPs and their associations with schizophrenia
Case (n=310) | Control (n=313) | p Value2 | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
SNP | Allele1 | Genotype | No. | Frequency | No. | Frequency | Allele1 | Codominant (AA/aa,Aa/aa,AA/Aa)3 | Recessive | Dominant | Overdominant | ||
rs4140535 | 0.725 | 0.806 | 1.000 | 0.729 | 0.909 | 0.684 | 0.764 | ||||||
T | 394 | 0.635 | 391 | 0.625 | |||||||||
CC | 44 | 0.142 | 46 | 0.147 | |||||||||
CT | 138 | 0.445 | 143 | 0.457 | |||||||||
TT | 128 | 0.413 | 124 | 0.396 | |||||||||
rs1778258 | 0.585 | 1.000 | 1.000 | 0.541 | 1.000 | 0.552 | 0.542 | ||||||
G | 556 | 0.897 | 555 | 0.887 | |||||||||
AA | 4 | 0.013 | 4 | 0.013 | |||||||||
AG | 56 | 0.181 | 63 | 0.201 | |||||||||
GG | 250 | 0.806 | 246 | 0.786 | |||||||||
rs17273700 | 0.423 | 0.772 | 0.377 | 0.185 | 0.576 | 0.279 | 0.184 | ||||||
T | 554 | 0.894 | 550 | 0.879 | |||||||||
CC | 7 | 0.023 | 5 | 0.016 | |||||||||
CT | 52 | 0.168 | 66 | 0.211 | |||||||||
TT | 251 | 0.810 | 242 | 0.773 | |||||||||
rs1228814 | 1.000 | 0.374 | 0.247 | 0.465 | 0.276 | 0.663 | 0.356 | ||||||
C | 517 | 0.834 | 522 | 0.834 | |||||||||
AA | 13 | 0.042 | 8 | 0.026 | |||||||||
AC | 77 | 0.248 | 88 | 0.281 | |||||||||
CC | 220 | 0.710 | 217 | 0.693 | |||||||||
rs11568817 | 0.315 | 1.000 | 1.000 | 0.254 | 1.000 | 0.271 | 0.255 | ||||||
T | 559 | 0.902 | 553 | 0.883 | |||||||||
GG | 5 | 0.016 | 5 | 0.016 | |||||||||
GT | 51 | 0.165 | 63 | 0.201 | |||||||||
TT | 254 | 0.819 | 245 | 0.783 | |||||||||
rs130058 | 0.916 | 0.686 | 0.816 | 0.434 | 1.000 | 0.449 | 0.816 | ||||||
T | 49 | 0.079 | 48 | 0.077 | |||||||||
AA | 265 | 0.855 | 267 | 0.853 | |||||||||
AT | 41 | 0.132 | 44 | 0.141 | |||||||||
TT | 4 | 0.013 | 2 | 0.006 | |||||||||
rs6297 | 0.409 | 0.599 | 0.786 | 0.565 | 0.788 | 0.460 | 0.816 | ||||||
A | 541 | 0.873 | 536 | 0.856 | |||||||||
AA | 237 | 0.765 | 231 | 0.738 | |||||||||
AG | 67 | 0.216 | 74 | 0.236 | |||||||||
GG | 6 | 0.019 | 8 | 0.026 | |||||||||
rs3827804 | 0.802 | — | 0.800 | — | 0.800 | — | 0.800 | ||||||
A | 8 | 0.013 | 7 | 0.011 | |||||||||
AG | 8 | 0.026 | 7 | 0.022 | |||||||||
GG | 302 | 0.974 | 306 | 0.978 | |||||||||
AA | 0 | 0.000 | 0 | 0.000 | |||||||||
rs140792648 | 0.862 | — | — | 0.860 | — | 0.860 | 0.860 | ||||||
— | 604 | 0.974 | 608 | 0.971 | |||||||||
—/— | 294 | 0.948 | 295 | 0.942 | |||||||||
—/AG | 16 | 0.052 | 18 | 0.058 | |||||||||
AG/AG | 0 | 0.000 | 0 | 0.000 | |||||||||
rs9361234 | 0.408 | 1.000 | 1.000 | 0.348 | 1.000 | 0.364 | 0.349 | ||||||
C | 559 | 0.902 | 555 | 0.887 | |||||||||
CC | 254 | 0.819 | 247 | 0.789 | |||||||||
CT | 51 | 0.165 | 61 | 0.195 | |||||||||
TT | 5 | 0.016 | 5 | 0.016 | |||||||||
rs183156887 | 1.000 | — | 1.000 | — | 1.000 | — | 1.000 | ||||||
A | 4 | 0.006 | 4 | 0.006 | |||||||||
AC | 4 | 0.013 | 4 | 0.013 | |||||||||
CC | 306 | 0.987 | 309 | 0.987 | |||||||||
AA | 0 | 0.000 | 0 | 0.000 | |||||||||
rs76194807 | 0.486 | 0.725 | 0.242 | 0.472 | 0.340 | 0.725 | 0.242 | ||||||
T | 79 | 0.127 | 71 | 0.113 | |||||||||
GG | 234 | 0.755 | 247 | 0.789 | |||||||||
GT | 73 | 0.235 | 61 | 0.195 | |||||||||
TT | 3 | 0.010 | 5 | 0.016 | |||||||||
rs58138557 | 0.411 | 1.000 | 1.000 | 0.351 | 1.000 | 0.367 | 0.352 | ||||||
GG | 558 | 0.900 | 554 | 0.885 | |||||||||
—/— | 5 | 0.016 | 5 | 0.016 | |||||||||
—/GG | 52 | 0.168 | 62 | 0.198 | |||||||||
GG/GG | 253 | 0.816 | 246 | 0.786 | |||||||||
rs13212041 | 0.948 | 0.643 | 0.444 | 0.423 | 0.629 | 0.545 | 0.361 | ||||||
G | 160 | 0.258 | 160 | 0.256 | |||||||||
AA | 171 | 0.552 | 179 | 0.572 | |||||||||
AG | 118 | 0.381 | 108 | 0.345 | |||||||||
GG | 21 | 0.068 | 26 | 0.083 | |||||||||